El huracán Sandy destruyó miles de documentos del programa de contrainteligencia del FBI conocido como COINTELPRO que se dedicó a neutralizar e infiltrar organizaciones de izquierda y algunas de derecha en Estados Unidos y en Puerto Rico.

La información salió a relucir recientemente luego que la organización Muckrock.org solicitara en el 2013 por medio del Freedom of Information Act el inventario o catálogo de documentos dañados o destruidos por las aguas que entraron en las facilidades de Virginia y de Washington D.C.

El FBI en la década de los 50, 60 y 70 se dedicaba mayormente a infiltrar organizaciones izquierdistas. Diez de sus 11 operaciones de contrainteligencia para esa época se dedicaron a infiltrar y neutralizar organizaciones izquierdistas y anti-racistas que iban desde el Partido Comunista, hasta los 'Black Panthers', simpatizantes del exlíder cubano Fidel Castro, la Nación de Islam, el líder de derechos civiles Martin Luther King y los simpatizantes del Partido Independentista Puertorriqueño.

No obstante, en la década de los sesenta COINTELPRO también infiltró varias organizaciones de derecha y de odio como el Ku Klux Klan y el Partido Nazi Americano al punto de que se creó toda una organización del Klan financiada por el FBI para crear rivalidades con el Klan auténtico y neutralizar la organización.

El FBI, luego de un debate, le proveyó a Muckrock.org una lista incompleta de los más de 76,000 volúmenes de archivos destruidos por las aguas en sus oficinas de Washington y Virginia. Cada volumen contiene hasta 250 páginas.

Según la publicación Unredacted, además de destruirse miles de documentos que no había salido a la luz público sobre las operaciones del FBI con el Klan, se destruyeron al menos 8,000 páginas de la operación de contrainteligencia contra la organización de derechos civiles National Negro Labor Council y la Federación Nacional del Trabajo, entre otros de organizaciones de izquierda.

El huracán también pudo haber destruido los expedientes originales de las operaciones de contrainteligencia contra grupos de izquierda en Puerto Rico ya que la lista que se le proveyó a Muckrock tenía volúmenes marcados con el 105, que es uno de los números de los archivos de COINTELPRO sobre Puerto Rico, según un examen que hizo NotiCel.